2007 год, Санкт-Петербург. Равиль Юносович играет во дворе своего жилого дома в домино с соседями и вспоминает одну историю из своего прошлого. Она происходила в те времена, когда он был работником-испытателем в Лаборатории Исследования Параллельных Миров.

Одним утром, 1986 года (тогда Равилю было 34 года), во время испытания нового робота его вызывает Администратор, чтобы поручить очередное задание, которое впоследствии обращается крахом. Из портала в лабораторию прибывают древние существа — снарки, которые крушат все вокруг.

Равилю Юнисовичу удается убежать из врывающегося исследовательского центра, после чего ученый Вальтер и Добрый Гмен перемещают его на шесть лет вперед, в 1992 год для устранения последствий катастрофы. В заброшенной к тому времени лаборатории, он встречает Федорова, своего друга, который все это время дожидался его, исследуя снарков. Однако Равиль Юнисович не понимает искреннего восхищения Фёдорова, и тогда Фёдоров заманивает Равиля в ловушку, чтобы насильно продемонстрировать глубокий «внутренний мир» снарков.

После того, как Юнисович познал обратную сторону снарков, Добрый Гмен находит его с сообщением, что Злой Гмен установил очередной «испылитель», и собирается вызвать снарков для порабощения Земли. Без предварительного инструктажа, Добрый Гмен отправляет Равиля на волгоградский консервный завод «Огурцы+Молоко=Консервы». Там вновь происходит странная авария и Равилю приходится удаляться с завода. Во время побега он получает сообщение от Зинаиды (бывшей работницы лаборатории), предлагающей свою ему помощь. И тогда Равиль отправляется к Зинаиде. Прибыв в назначенное место, Равиль встречает Зинаиду, которая находит «испылитель» и посылает Равиля уничтожить его.

После успешно выполненного задания является Злой Гмен, который сообщает, что Добрый Гмен у него в плену. Равиль отправляется на спасение Доброго Гмена. С помощью вызванных Древних Духов, ему удается вызволить пленного из заточения. В ответ на спасение, Добрый Гмен предлагает Равилю отправиться с секретным заданием в исследовательский комплекс «Чёрная Меза», за несколько минут до инцидента с каскадным резонансом (отсылка к событиям Half-Life).

В качестве проводника и помощника, с Равилем был послан ученый Вальтер. Цель Равиля Юнисовича — проникнуть в лабораторию под именем доктора Розенберга (предварительно заучив несколько популярных американских выражений) и поднять тележку с кристаллом в тестовую комнату. Когда Равиль справляется с заданием, Злой Гмен отправляет Равиля в «место, где вы не сможете никому причинить вред и никто не сможет причинить вред вам» — Чукотку и заключает его во льды.

Спустя несколько лет, в 1997 году, Равиль «размораживается» и просыпается в хижине местного жителя, нашедшего его где-то в тундре. Там же, в Чукотке, Равиль находит Гордона Фримена — главного героя Half-Life, который, как и он заморожен во льдах (вероятно, этим объясняется временной провал между событиями первой и второй частью «Half-Life»). В чукотской деревне Равиль покупает у продавца пиратскими дисками билет на автобус, который доставляет его в Храм Снарков.

В Храме с Равилем связывается Вальтер, который приказывает ему остановить глобальное потепление в Чукотке. После очередной успешно выполненной миссии, Равилю снова являются два Гмена и предлагают ему классический выбор между Добром и Злом.